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能夠將聚核苷酸鏈的磷酸二酯鍵切斷的酶，稱為核酸酶。核酸酶屬于水解酶，作用于磷酸二酯鍵的P-O 位置。

核酸酶是在核酸分解的第一步中，作用于水解核苷酸之間的磷酸二酯鍵的一種核酸。在高等動植物中都有作用于磷酸二酯鍵的。

不同來源的核酸酶，其專一性、作用方式都有所不同。有些核酸酶只能作用于RNA，稱為核糖核酸酶(RNase)，有些核酸酶只能作用于DNA，稱為脫氧核糖核酸酶(DNase)，有些核酸酶專一性較低，既能作用于RNA也能作用于DNA，因此統稱為核酸酶(nuclease)。根據核酸酶作用的位置不同，又可將核酸酶分為核酸外切酶(exonuclease)和核酸內切酶(endonuclease)。

分類介紹

核酸外切酶

有些核酸酶能從DNA或RNA鏈的一端逐個水解下單核苷酸，所以稱為核酸外切酶。只作用于DNA的核酸外切酶稱為脫氧核糖核酸外切酶，只作用于RNA的核酸外切酶稱為核糖核酸外切酶;也有一些核酸外切酶可以作用于DNA或RNA。核酸外切酶從3′端開始逐個水解核苷酸，稱為3′→5′外切酶，例如，蛇毒磷酸二酯酶即是一種3′→5′外切酶，水解產物為5′核苷酸;核酸外切酶從5′端開始逐個水解核苷酸，稱為5′→3′外切酶，例如:牛脾磷酸二酯酶即是一種5′→3′外切酶，水解產物為3′核苷酸。

核酸內切酶

核酸內切酶催化水解多核苷酸內部的磷酸二酯鍵。有些核酸內切酶僅水解5′磷酸二酯鍵，把磷酸基團留在3′位置上，稱為5′-內切酶;而有些僅水解3′-磷酸二酯鍵，把磷酸基團留在5′位置上，稱為3′-內切酶。還有一些核酸內切酶對磷酸酯鍵一側的堿基有專一要求，例如胰臟核糖核酸酶(RNaseA)即是一種高度專一性核酸內切酶，它作用于由嘧啶核苷酸C'3處的羥基與下一個核苷酸C5'處的磷酸形成的3'，5'-磷酸二脂鍵，產物為以3′嘧啶核苷酸結尾的低聚核苷酸和以5'核苷酸開頭的低聚核苷酸。